明治维新时期，敌我双方为了各自的理想和目标而奋勇厮杀。在此期间，名人志士不断涌现：大久保利通、木户孝允、坂本龙马、冲田总司。维新一派为了推动新时代的到来，不惜采取暗杀的手段，而绯村剑心正是众多刺客的中的一员。孤儿出身的绯村师从比古清十郎学习飞天御剑流剑法，年轻气盛的下山参战，在奇兵队中崭露头角。凭借一身的本领，绯村最终成为令幕府一派闻风丧胆的刽子手拔刀斋，同时他也和宿敌壬生狼斋藤一有过无数次对决。...

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这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭但人，神，魔三族共同战斗作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半二千年以后，世界始终和平安宁不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它某一天一位少女夺走了保护严密的神族的钥匙世界的均衡渐渐被打破当巴哈姆特再次发出吼声之时世界再次落...