应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的敌人！！故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间...

目前，超级宅男土田直纯（日野聪配音）在一所名叫花丸的幼稚园中担任老师的职务，在可爱的小朋友们的围绕下，每天都过着充满欢笑的生活。在个性单纯直率的杏（真堂圭配音）的眼中，土田老师是世界上最最优秀的男人，她无视巨大的年龄差距，发誓漫长的余生，非他不嫁。在好友小梅（樱井真子配音）和柊（高垣彩阳配音）的帮助下，杏锲而不舍的一次又一次向土田老师发动着恋爱进攻。可是，土田早就有了心上人——隔壁班的老师山本菜菜...