《果宝特攻3》讲述了菠萝吹雪偶然间穿越到了古代的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果，菠萝吹雪从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的英雄。菠萝吹雪开始修复时光机的旅程，竟然遇到了水果伙伴们的祖先，最后帮助他们打败了火龙果，并顺利回到现代。...

在水果江湖中，武术是最受人追捧！其中更以果宝大侠橙留香、菠萝吹雪、陆小果成立的正教最让人瞩目。三人号称果宝三剑客，在水果江湖行侠仗义，锄强扶弱，受到万民崇拜。但就在正教三周年庆祝会上，四大恶贼横空出世打败三剑客，将正教改为歪教，并四处铲除其他教派，抓捕村民，将水果江湖搅得民不聊生。为解救民众和重现正教，在江湖奇人疯清扬暗中帮助下，三剑客打败怪兽得到神兵升级机甲，一路向着四大恶贼的所在地进发，在途中...